מחלקת הנדסה של "עין נטפים" אמונה על תפעול, תחזוקה שוטפת, שדרוג ופיתוח כל המערכות הנוגעת לאספקת המים ואיכותם, וסילוק הביוב באופן מיטבי, תוך שמירה על בריאות הציבור ואיכות הסביבה.
כמו כן, אחראית מחלקת ההנדסה על יישום תכניות אב למים ולביוב, שאושרו על ידי כל הגורמים הרלוונטיים.
צוות המחלקה פועל 24 שעות ביממה לטיפול במקרי שבר/תקלות , באופן המקצועי, המהיר והאיכותי ביותר.